В НСО накоплен значительный опыт по взаимоотношению с международными организациями в решении проблем охраны окружающей среды, в первую очередь среди общественных и научных организаций.

Межрегиональная благотворительная общественная организация “Сибирский экологический центр” активно привлекает зарубежных партнеров для реализации экологических проектов в НСО. Завершен совместный с голландской неправительственной организацией проект, в рамках которого была организована рабочая группа по водоохранным зонам малых рек и осуществлено ряд практических мероприятий по улучшению экологического состояния рек. “Сибэкоцентр” в партнерстве с международной организацией “Сеть Спасения Тайги” реализует проект, направленный на вовлечение общественности в лесную политику и управление лесными ресурсами НСО. Разработана и опробована система общественного лесного контроля, проведены массовые мероприятия по образованию и просвещению населения, заложены пришкольные питомники хвойных культур. Представители организации приняли активное участие в международных форумах – Всемирном лесном конгрессе (Канада), Европейском лесном движении (Германия, Бурятия).

25 – 27 августа 2003 г. в Новосибирске прошла международная конференция “Трансграничные водные ресурсы, стратегия охраны и экологической стабильности”. Организаторы – СО РАН, поддержку оказал научный отдел НАТО. Участники – ученые России, Азербайджана, Армении, Казахстана, Кыргызстана, Таджикистана, Узбекистана, Австрии, Бельгии, Великобритании, Германии, Нидерландов, США, Швейцарии. Особо острые дискуссии были по вопросу переброски части стока сибирских рек в Среднюю Азию. Многие отмечали, что этот проект интересен своей комплексностью и огромной работой, проделанной учеными. Между тем единого одобрения этого плана не прозвучало.