Усиление самодержавного Российского государства привело к изменениям традиционной церковной идеологии и феодально-иерархической организации церкви.
В предшествующий период церковь постепенно создала собственное мощное экономическое основание. По приблизительным, и скорее заниженным, данным, в конце XVII в. патриарху, митрополитам и епископам принадлежало 37 тыс. дворов, в которых числилось около 440 тыс. душ тяглового населения. Кроме того, за монастырями числились значительные земли с проживающим на них населением. Но все же эта хозяйственная база в сравнении с хозяйственной базой дворянского государства была значительно меньше.
Дворянство ревниво следило за церковным хозяйством и продолжало принимать меры против его роста. Соборное Уложение 1649 г. запретило церквам, монастырям, духовенству скупать земли у населения, получать земли монастырями за помин души. Соборное Уложение постановило: “Патриарху и митрополитом, и архиепископом и епископом, и в монастыри ни у кого родовых, и выслуженных и купленных вотчин не покупать, и в заклад не имати, и за собою не держати, и по душам в вечный поминок не имати...”. По этому Уложению производилась частичная экспроприация ряда городских слобод, принадлежавших ранее патриарху, епископам и монастырям.
Наконец, Уложение завершило процесс уничтожения церковной юрисдикции по отношению к церковным людям по гражданским и уголовным делам. Теперь все церковные люди, не исключая и патриарших, были объявлены подсудными по уголовным делам.
Автономия русской церкви была практически утрачена. Церковные соборы XVII в. не принимали самостоятельных решений, а были совещательными учреждениями при царе, органами царского законодательства по церковным делам. Не стоит удивляться, что патриарх и епископы были, по существу, простыми царскими чиновниками. Инициатива учреждения патриаршества исходила от царя. Первый патриарх Иов был предложен на кафедру царем. Все последующие патриархи русской церкви были “избраны” соборами по указанию царя. Таким же порядком “избирались” на соборах епископы, и'уже попросту назначались царем игумены и даже протопопы. Не следует думать, что царь вмешивался в церковное управление только по административным, финансовым и судебным делам. Царь также издавал распоряжения о соблюдении постов, об обязательности говения, о служении молебнов, о порядке в церквах и т.д. Таким образом, главенство в церкви во всех отношениях фактически принадлежало царю, а не патриарху. Это положение дел в церковных кругах считалось нормальным и даже признавалось официально соборами как богоустановленный порядок. В свою очередь, государство берет церковь, ее иерархию и учение под защиту закона. Уложение 1649 г. явилось первым светским законодательством, в котором были регламентированы составы преступлений против церкви. Всякое выступление против православного вероучения квалифицируется как “хула на Бога”, имеющая политический смысл. Этой формулой определялась и степень наказания. За “богохульство” назначалась смертная казнь. Самодержавие опекало церковь, а священнослужители воспевали земного бога — царя.
25 июня 1652 г. на патриарший престол церковным собором по желанию царя был избран новгородский митрополит Никон. Он выдвинулся благодаря незаурядному уму и природным дарованиям, особенно в зодчестве. Сын нижегородского крестьянина прошел тернистый путь от сельского священника до патриарха. Поднявшись на высшую ступень социальной и церковной иерархии, он приобрел все качества феодала-крепостника в рясе. Источники и записки современников свидетельствуют о его необузданном стяжательстве, ослеплении роскошью, властолюбии, крутом нраве и высокомерии.
С первых дней прихода Никона к управлению русской церковью обозначились укрепление патриаршей власти, возрастание ее авторитета не только в духовной, но и в общегосударственной жизни, реформирование церкви. Конкретное выражение церковных нововведений проявилось в унификации обрядов, чинов и богослужебных книг с греческими. Как никто из предшественников на патриаршем престоле, Никон осознал значение печатного слова в духовной жизни общества. Печатный двор в конце 1653 г. был передан царем в полное распоряжение Никона. Это способствовало унификации церковных книг и активной реформаторской деятельности патриарха.
Вначале казалось, что реформа коснется церковных обрядов, и не более. Удивительное последует позже, когда исправление подробностей богослужения приведет к церковному расколу, непримиримой борьбе старого и нового. Острая религиозная полемика переросла в непреодолимую вражду между реформаторами и консерваторами. Весной 1654 г. Никон созвал церковный собор. На нем под давлением царя были утверждены новые обряды и изменения в богослужебных текстах. Патриарх получил полномочия на дальнейшее проведение реформ. Замена старых обрядов и чинов греческими разрушала давно сложившиеся традиции и обычаи в русской церковной практике. Именно от этой ненужной ломки предостерегали Никона. Позже, когда раскол русской церкви стал свершившимся фактом, он и сам признал правоту и старых и новых обрядов.
Под расколом подразумевается массовое религиозно-общественное движение, оппозиционное господствующей церкви и самодержавному государству. Название этому движению дали церковники. Вначале слово “раскольники” употреблялось по отношению к простым людям, отвергавшим авторитет духовных отцов. К началу 60-х годов появился и пророк, без которого не может обойтись ни одно массовое движение. Им стал протопоп Аввакум. И по рождению, и по миросозерцанию это был сын крестьянской среды. Аввакум хорошо знал почти всю церковную литературу, существовавшую тогда на русском языке. Несмотря на это, Аввакум не стал схоластиком-начетчиком. Религия для него была не ремеслом, не профессией, а живым делом. Он полагал, что пастырь должен вмешиваться в жизнь на практике, а не ограничиваться исполнением обязанностей по чину. Аввакум отвергал реформы Никона и попал в немилость. Вся проповедь Аввакума была обращена не назад, не на защиту старой веры, а вперед, на близкий суд божий над антихристовым царством.
Характер искупительно-очистительного религиозного акта носило у раскольников самосожжение. Первой ступенью разрыва с антихристом служило бегство в пустыню, подальше от людей. В 70—80-е годы крестьяне горят в избах и овинах, сжигаются целыми семьями, целыми деревнями, уходят в лес и там сжигают себя в морильнях. Самосожжения происходят на Тоболе, на Урале, в Новгородской области, в Олонецком крае. К концу XVII в. численность сгоревших достигала 9 тыс. человек — цифра по тогдашним масштабам огромная.
Правительство было вынуждено снаряжать сыщиков и воинские отряды для сыска раскольничьих пристанищ в глухих отдаленных местах. Но приход воинских команд служил сигналом к самосожжению. 26 октября 1728 г. издается Указ Сената, который предписывает веем вотчинникам не дозволять раскольникам строить скиты и пустыни. Но и эти меры не возымели успеха, самосожжения продолжались. Это стихийное движение грозило государству не менее, чем открытая вооруженная борьба. Крестьянин-тяглец уходил за пределы досягаемости, оставляя хозяина голодным, а казну пустой.
Став непримиримым противником церковной реформы, Аввакум был сослан с семьей в Даурию. В 1664 г., после падения Никона, этот раскольник был возвращен в Москву, так как его сочли лишь личным врагом Никона. Вскоре, однако, он снова был сослан в Мензель, а потом отправлен в монастырь. В мае 1666 г. был вызван на собор в Москву и 13 мая проклят и окончательно сослан в Пустозерск. Этот же собор единодушно осудил Никона. Он был лишен звания патриарха и простым монахом заточен в дальний Белозерский монастырь. Заточение бывшего владыки длилось 15 лет. В августе 1681 г. Никон скончался. Посмертно Никону вернули высокий церковный чин, хоронили его как патриарха. Так сложилась судьба двух влиятельнейших людей в жизни русской церкви. Реформа патриарха Никона расколола общество на два многочисленных лагеря.
Из народной среды в это время выдвигается множество учителей, проповедников, наставников — распространителей противо-, церковных воззрений. Под формой староверия развивалось и раннее сектантство. С конца 60-х годов XVII в. Российское государство неоднократно потрясается мощными народными антицерковными движениями как в самой Москве, так и на окраинах. Антицерковные массовые движения охватили Москву, Ростов, Коломну, Кострому, Владимирский и Суздальский уезды, Нижегородский и Новгородский края, Поволжье — практически всю Россию. Дони-коновская обрядово-культовая традиция становилась знаменем массового религиозного движения.
К последней четверти XVII в. относится начало двух крупных течений сектантства, возникших в крестьянской среде, — духоборчества и молоканства. Эти течения расширили свою базу за пределы крестьянской среды. Воссоздать полную картину всех разновидностей раннесектантских течений невозможно.
Массовые движения против официальной церкви в XVII в. развиваются в обстановке обострения классовых противоречий. Зарождение движения было обусловлено падением авторитета иерархии во всех слоях общества. В то же время раскольническое движение являлось религиозной формой борьбы крестьян и посадских людей против крепостнической политики самодержавного государства. Под прикрытием религии шла борьба с церковью и государством одновременно как единой идеологической и социально-политической силой. Подъем народного движения происходит в 60—70-е годы XVII в., когда появляется почва для выступлений не только против иерархии, но и крепостнического курса внутренней политики правительства царя Алексея Михайловича.
Крепостнический режим, моровая язва 1654 г., истребившая массу населения, голод и церковный раскол привели Россию к крестьянской войне Степана Разина (1670—1671 гг.). Эта война огненным смерчем прошла по России, она отразила огромные социальные противоречия общества.
Россия, пережив острейший национальный кризис в XVII в., церковный и общественный раскол, упрочив самодержавное государство, выходила на путь великих реформ. По словам С.М. Соловьева, страна собралась в путь и ждала вождя.